脊索(notochord)是身体背部起支持作用的棒状结构，位于消化道背面、 背神经管腹面。在发生上来自胚胎的 原肠背壁（属于内胚层），后与原肠脱离形成。典型的脊索由富含 液泡的脊索细胞组成（文昌鱼的脊索中由肌肉细胞构成，收缩可增加坚韧度），外面围有脊索 细胞分泌形成的 结缔组织鞘，即脊索鞘(notochordal sheath)。脊索鞘常包括内、外两层，分别为 纤维组织鞘和弹性组织鞘。充满液泡的脊索细胞由于产生 膨压，使脊索既具弹性又有硬度。脊索终生存在低等 脊索动物中（如 文昌鱼）或仅见于幼体时期（如 尾索动物）。脊椎动物中的 圆口类脊索终身保留，其他类群只在胚胎期出现脊索，后来被脊柱所取代，成体的脊索完全退化或保留残余。