16世纪、17世纪时,费尔干纳盆地属
布哈拉汗国,后逐渐脱离其控制。1710年,乌兹别克明格氏族首领沙鲁赫建立以浩罕城为首都的独立国家。1760年(中国清朝
乾隆二十五年),浩罕统治者
额尔德尼曾归附中国 。他的继承人纳尔布塔加强浩罕对费尔干纳的统治,并继续对中国称臣。在奥马尔汗和马达里汗的统治下,汗国进入鼎盛时期。它的疆域西北临
咸海,包括
锡尔河下游附近的哈萨克草原;东北扩展到巴尔喀什湖以南中国地区;南达喀拉提锦等山区领地。马达里汗多次侵犯中国喀什噶尔地区,竭力支持该地和卓后裔进行叛乱活动。在
胡德亚尔汗时期,汗国的统治者趁新疆动乱之际,企图入侵中国领土。1865年,汗国阿克麦吉特要塞司令阿古柏侵入中国南疆地区并自己称汗。1876年(光绪二年)清朝政府派
左宗棠进军新疆,粉碎企图分裂中国的阿古柏反动政权。
19世纪上半期,经济生活和文化建设出现高潮。浩罕人民进行空前规模的水利灌溉工程,促进农业特别是植棉业的发展。养蚕业和园艺也很发达。布匹、书写纸张、陶器等享有盛誉。浩罕、塔什干城为当时中亚最大的工商业中心。与中国、俄国等的贸易关系密切。