1634年西藏黄教摄政者
索南群培和
五世达赖、
四世班禅共同致信固始汗,请其出兵救援。1637-1641年固始汗攻入青海和西康,1642年攻占
日喀则,灭
噶举派的
藏巴汗政权(噶玛王朝),确立
格鲁派诸领袖在西藏的政治地位,重建
布达拉宫、扩建
大昭寺。当时四巨头里
第巴是达赖的总管,管一般行政,是中级型政教合一(其它权力还是汗庭管理,乾隆皇帝确立的
噶厦政府才是高级型合一)。
后期:第二代汗王起,重点在青海。1709年康熙帝派
赫寿去拉萨,后演变为
驻藏大臣制度。1717年
准噶尔汗国攻入拉萨,杀
拉藏汗,
和硕特汗国灭亡。1720年清朝第二次出兵,赶走准噶尔军。不久,清朝快速平定
罗卜藏丹津之乱,在青海建立直接管理体系。
深远影响:和硕特汗国主动纳入清朝,为多民族国家做出重大贡献。改变了西藏的诸教派地位关系,独尊格鲁派,
噶举派传统的
不丹和
拉达克则另为其政。