南京博物院占地13万余平方米,为“一院六馆”格局,即历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆、民国馆。另全院设“六所”的研究部门,即考古研究所、文物保护研究所、古代建筑研究所、陈列艺术研究所、非遗保护研究、古代艺术研究所,并设有中国博物馆中唯一的民族民俗学研究机构
,其中文物保护研究所被称为“文物三甲医院”,是中国纸质文物保护国家文物局重点科研基地
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截至2018年,南京博物院拥有各类藏品432768件(套),珍贵文物371032件(套),珍贵文物数量居中国第二,仅次于故宫博物院
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。馆藏文物上至
旧石器时代,下迄当代;既有全国性的,又有地域性的;既有宫廷传世品,又有考古发掘品,还有一部分来源于社会征集及捐赠,均为历朝历代的珍品佳作和备受国内外学术界瞩目的珍品。青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等所有文物品类一应俱有,每一品种又自成历史系列,是数千年中华文明历史发展最为直接的见证
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