蕈菌在自然界中还生长着一类肉眼可见的大型真菌子实体，它们属于真菌的 子囊菌亚门和 担子菌亚门，其中大多数都属于担子菌亚门。蕈菌是真菌中进化最高级的，能产生肉眼可见、供人采摘的子实体，通常包括人们所称的蘑菇、木耳等。古代中国将这种大型的真菌称为“蕈”，这类菌也称担子菌或伞菌，蕈菌和其他真菌的区别在于它们可以产生一种孢子，称为担孢子。  

蕈菌广泛分布于地球各处,在森林落叶地带更为丰富。   常见的 双孢蘑菇、木耳、香菇、灵芝等，少数种类有毒或会引起木材朽烂。