2013年5月28日，阿里、顺丰、三通一达(申通、圆通、中通、韵达)等共同组建“菜鸟网络科技有限公司”。该公司股权结构中，天猫投资21.5亿，占股43%；圆通、顺丰、申通、韵达、中通各出资5000万，占股1%。
2015年3月30日，
阿里巴巴集团COO、菜鸟网络CEO张勇在菜鸟网络内部年会上宣布，任命
童文红为公司总裁。
童文红2000年加入
阿里巴巴，自2013年5月菜鸟成立之初即担任COO，一直是
菜鸟网络业务的主要操盘人。
2017年9月26日，阿里巴巴宣布，为进一步推进新零售战略，将增持旗下菜鸟网络的股份，并将在已投入数百亿元的基础上，未来五年继续投入1000亿元。按照协议，此次阿里巴巴将投资菜鸟网络53亿元人民币。增资后，阿里巴巴持有菜鸟股权将从原来的47%增加到51%，并新增一个董事席位，从而占董事会7个席位中的4席。
阿里巴巴集团CEO张勇担任菜鸟网络董事长、万霖担任菜鸟网络总裁。
2018年7月，菜鸟再次布局同城配送领域，宣布以众包业务和其他业务资源及2.9亿美元战略投资即时物流平台点我达，成为其控股股东。
2019年6月11日，菜鸟网络入选“2019福布斯中国最具创新力企业榜”。
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2019年11月8日，阿里巴巴今日宣布，阿里巴巴通过增资和购买老股的方式，投入人民币233亿元（约合33亿美元），持有菜鸟股权从约51%增加到约63%。菜鸟其他现有股东也参与了新一轮融资。
