第十六师团，为 日本陆军甲等常设师团，于1905年在日本 京都编成，其 司令部设于京都，装备精良，兵员满员，战斗力较强，官兵主要来自京都、 三重县和 奈良县，故又称为“京都师团”。在编成的当年即参加了“ 日俄战争”。  

第十六师团曾是攻打南京的主力部队之一，在1938年1月下旬才离开南京。战后在 东京审判中，南京市民指证“中岛部队”的暴行，指的就是 中岛今朝吾的第十六师团。