海军军医大学创建于1949年9月,当时称
华东军区人民医学院,主要由华东医务干部学校、
第三野战军卫生部医学院、国民党原国防医学院部分留大陆人员和从地方招聘的专家教授组成。1950年10月,更名为上海军医大学。1951年7月9日,由中央军委正式命名为中国人民解放军第二军医大学。2017年6月29日,更名为中国人民解放军海军军医大学,并对外保留第二军医大学校名。
据2017年8月学校官网显示,校机关设“四部二院”,下辖“一部八系”、3个师级学员管理单位、4所附属医院、1个国家肝癌科学中心和5个干休所。
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