学校溯源于1896年清末“苍霞精舍”。后历经更名、拆分与重组。主要有:1914年为福建公立专门工业学校,1938年为福建省立高级工业职业学校,1952年为福建省福州工业学校;1953年学校分立为轻工业部福州工业学校和福州建筑工程学校,之后两校几易校名;2002年经教育部批准,福建建筑高等专科学校与福建职业技术学院合并组建福建工程学院;2013年经国务院学位委员会批准为硕士学位授权单位。
截至2021年2月,学校有旗山、鳝溪、浦东、铜盘等校区,占地2074.8亩,校舍建筑面积68.42万平方米,教学科研仪器设备值46327.66万元,馆藏纸质图书222.66万册,电子图书198.34万册;全日制在校生21600余人,其中在读硕士研究生1140人(含外国留学生);有专任教师1246人,其中高级职称622人;开设17个学院(部),66个本科专业,涵盖工学、管理学、文学、理学、经济学、法学、艺术学等学科门类;有4个学术型硕士学位授权一级学科、4个硕士专业学位授权点。