1997年，杨振宁教授在清华大学成立高等研究中心，担任研究中心的名誉主任，并个人捐献400万美金，亲自邀请著名
理论物理学家聂华桐教授担任中心主任。
2009年，研究中心更名为清华大学高等研究院。
2012年，清华大学原校长顾秉林接任研究院院长。
研究院借鉴美国普林斯顿高等研究院经验而成立，自成立伊始便致力于基础科学研究和人才培养。研究院已在理论凝聚态物理、冷原子物理、理论计算机等领域取得了一批重要成果，汇聚了多位国际一流学者。自成立以来，研究院培养了多名博士生和博士后，其中很多人已经在国际学术界崭露头角，有的已经进入世界顶尖大学获得教职。
清华大学高等研究院的宗旨是：
面向世界、面向廿一世纪，加强清华大学的基础科学研究；培养有创新能力的科学人才；开展国际学术交流与合作；逐步形成该校基础科学研究优势，推动学校理科建设，为建设
世界一流大学作出贡献。
