殷仲文少有才华,容貌俊美。被堂兄
殷仲堪推荐,担任会稽王
司马道子的骠骑参军。殷仲文的妻子是
桓玄的姐姐,恰逢桓玄与朝廷有矛盾,因此受到怀疑被人离间,降为新安太守。
桓玄占据京师时,殷仲文便弃郡投靠他,被任命为证议参军,深受桓玄宠信。桓玄将作乱,命令殷仲文总领诏命,任
侍中兼左卫将军。桓玄受九锡之赐的诏令乃殷仲文所写。
桓玄失败后,殷仲文便上表请罪,得到晋安帝的谅解。从此殷仲文不得志,并被徙任东阳太守。义熙三年(407年),因谋反而被处死。殷仲文有文集七卷(《隋书》、《唐书经籍志》)传于世。