核酸内切酶（endonuclease）在核酸水解酶中，为可水解分子链内部 磷酸二酯键生成寡核苷酸的酶，与 核酸外切酶相对应。从对底物的特异性来看，可分为DNaseⅠ、DNaseⅡ等分解DNA的酶；RNase、RNaseT1等分解RNA的酶。一般来说，大都不具碱基特异性，但也有诸如脾脏RNase、RNaseT1等或 限制性内切酶那种能够识别并切断特定的碱基或碱基序列的酶。