限制性核酸内切酶是可以识别并附着特定的 核苷酸序列，并对每条链中特定部位的两个脱氧核糖核苷酸之间的 磷酸二酯键进行切割的一类酶，简称限制酶。根据限制酶的结构，辅因子的需求切位与作用方式，可将限制酶分为三种类型，分别是第一型（Type I）、第二型（Type II）及第三型（Type III）。Ⅰ型限制性内切酶既能催化宿主 DNA的 甲基化，又催化非甲基化的DNA的水解；而 Ⅱ型限制性内切酶只催化非甲基化的DNA的水解。Ⅲ型限制性内切酶同时具有修饰及认知切割的作用。