1535年后,殖民地开始由新西班牙总督(英语:List of viceroys of New Spain)实行君权统治,副王由
西班牙国王指派。首府设在
墨西哥城。
新西班牙的领土有些被其他欧洲强权夺取,有些独立建国,而其核心区域则一直在西班牙统治下,直到1821年独立成
墨西哥第一帝国,该帝国解体后成为今日的
墨西哥和
中美洲。新西班牙的行政区划高度在地化,其分区以气候、地形、原住民人口密度进行划分。墨西哥中部与南部原住民人口密度高,拥有复杂的社会、政治和经济组织。墨西哥北部的原住民则是游牧或半
游牧民族,本来无法发展成密集人口的社会。然而1540年代于
萨卡特卡斯发现了银矿后,开始涌入更多的定居人口。银矿不只是新西班牙的经济命脉,同时也是西班牙快速致富的关键,改变了全球经济。新西班牙是菲律宾贸易在新世界的终点站,使得该地成为西班牙新世界帝国与亚洲帝国之间的重要连接点。