扬州大学农学院是我国创立最早的农学系科之一，学院最早可追溯到1902年由我国爱国实业家 张謇创建的私立通海农学堂。1952年全国高校院系调整时， 南通学院（ 私立南通大学）农科、苏南文教学院农教系和 江南大学农艺系三部分组成苏北农学院；1971年 南京农学院迁扬和苏北农学院合并组建 江苏农学院；1992年江苏农学院与其他驻扬的五所高校合并为 扬州大学，更名为扬州大学农学院；自1998年以来，为适应合并办学需要和学科建设要求，农学院又历经多次调整，但一直沿用原名称。