发酵指人们借助微生物在有氧或无氧条件下的生命活动来制备微生物菌体本身、或者直接 代谢产物或次级代谢产物的过程。发酵有时也写作 酦酵，其定义由使用场合的不同而不同。通常所说的发酵，多是指生物体对于有机物的某种分解过程。发酵是人类较早接触的一种 生物化学反应，如今在 食品工业、生物和化学工业中均有广泛应用。其也是 生物工程的基本过程，即 发酵工程。对于其机理以及过程控制的研究，还在继续。

例如 酵母菌、 乳酸菌等微生物的无氧呼吸也叫做发酵。