学校创建于1934年,时名江苏省立医政学院。1957年,由镇江迁至南京,更名为
南京医学院。1962年,被列为全国首批六年制医药院校。1981年,被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年,更名为南京医科大学。
截至2021年5月,学校建有江宁校区、五台校区以及康达学院连云港校区;设有19个学院(包含康达学院),开设25个本科专业;拥有25所附属医院和50多所教学医院;拥有一级学科博士点8个、二级学科博士点54个、4个交叉学科博士点;一级学科硕士点11个;博士后科研流动站6个;有在职教职工1800多人,学生总数为1.8万多人。