学校始建于1960年,原隶属中央(军委)气象局,前身为南京大学气象学院,1963年独立建校为南京气象学院,1978年列入全国重点大学,2004年更名为南京信息工程大学。2007年以来,先后实现了江苏省人民政府、中国气象局、教育部、国家海洋局的多方共建。现为以江苏省管理为主的中央与地方共建高校。
截至2021年4月,南京信息工程大学校园占地面积约2000亩,设有22个专业学院,开设75个本科专业,拥有6个一级学科博士学位授权点,22个一级学科硕士学位授权点、14个硕士专业学位授权点,有专任教师2000多人,有全日制在校本科生3.3万余名、硕博研究生近5000名、留学生1000余名。