根据 中共中央、国务院批准的 北京市人民政府机构改革方案和《北京市人民政府关于机构设置的通知》（京政发〔2009〕2号），设立北京市司法局（简称市司法局）。北京市司法局是负责本市司法行政工作的市政府组成部门。市司法局设14个内设机构和政治部，机关 政法专项编制234名。

北京市司法局在全市司法行政工作会议上通报，2015年北京市累计特赦罪犯140名，全部得到妥善安置帮教。

2018年11月，将北京市司法局、市政府法制办公室的职责整合，重新组建市司法局，作为市政府组成部门。  

2019年7月23日，第六届“政法系统新媒体应用案例”推选活动获奖名单揭晓，北京市司法局获得全国司法行政系统“十佳新媒体案例奖”。