功能性灭绝（英：Functional extinction/ Functionally extinct）是 生物学术语，指某个或某类生物在自然条件下，种群数量减少到无法维持繁衍的状态；换言之，功能性灭绝指某物种在宏观上已经灭绝，但尚未确认 最后的个体已经死亡的状态。功能性灭绝是 物种灭绝的前兆，当一个物种停止繁殖后，最终灭绝只是时间问题。因此功能性灭绝的物种被称作“僵尸物种”，其残存的最后若干个体被称作“活着的死者”，即无法产生后代而不可避免地使种群走向灭绝，甚至连其自身也无法维持生存。

对应 IUCN 濒危等级，功能性灭绝的物种均为 极危（CR），而极危物种不一定功能性灭绝，功能性灭绝的物种比一般的极危物种更接近灭绝，是介于极危和灭绝之间的“准灭绝”。相对于直接宣告某物种灭绝，功能性灭绝是一个更加客观的描述，更能真实地反映某物种的现状。较为知名的功能性灭绝物种有 斑鳖、 白鱀豚、 北白犀和野生 华南虎，其中 3 种与中国关系密切。导致物种功能性灭绝的因素包括气候或环境变化，人类捕杀，人类占据、破坏其生境等。

2006 年多国学者在 长江发起大规模的科考行动结束后，宣布白鱀豚功能性灭绝，该术语自此广为人知。