军机章京俗称“小军机”，早期也称为“司员”。最初，章京无一定额数，在 内阁中书等官员中 选调。 乾隆初，改由内阁、各部、 理藩院等衙门调派。

自嘉庆四年（1799年）始，定军机章京分满、汉各两班，每班8人，共32人。各班设领班、帮领班章京各1员，由 军机大臣于章京中选资深望重者任之。

军机章京的选任，据《枢恒纪略》卷7载：“汉军机章京由内阁中书、六部郎中、员外郎、主事、七品小京官由进士、举人出身者兼充；满军机章京以内阁中书、六部、 理藩院郎中、员外郎、主事、笔帖式兼充”。 光绪三十二年（公元1906年）确定汉章京额缺为20人。