中国科学院上海分院是 中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、 浙江和福建地区的研究院所工作。其科研业务工作归口中国科学院，日常行政工作受上海市领导。上海分院始于1950年3月经政务院批准成立的中科院华东办事处，接管并改造了原 国立中央研究院、 国立北平研究院在上海、南京的研究机构，1955年2月更名为上海办事处，1958年11月成立上海分院，1961年改为华东分院，1970年中科院撤消分院体制，1977年11月恢复成立中科院上海分院。

上海分院系统现有19家机构（含上海分院）：上海微系统与信息技术研究所、 上海硅酸盐研究所、上海光学精密机械研究所、 上海应用物理研究所、 上海技术物理研究所、 上海有机化学研究所、上海营养与健康研究所、分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）、脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、分子植物科学卓越创新中心（植物生理生态研究所）、 上海天文台、 上海药物研究所、上海巴斯德研究所、 福建物质结构研究所、宁波材料技术与工程研究所、城市环境研究所、上海高等研究院、微小卫星创新研究院。上海分院系统的研究生教育职能归口 中国科学院大学。  

据2021年2月分院官网显示，中科院上海分院有一支13718人的科研、管理和支撑队伍，其中 专业技术人员9761人（含高级研究人员4087人）；有13个 国家重点实验室、39个中科院重点实验室，以及中科院上海教育基地、中科院上海国家技术转移中心、中科院上海交叉学科研究中心。 ^[1-2]