东正教自主教会是东正教最高级别的独立教会，所有自主教会均不受其他教会的管辖。东正教最早的四个自主教会位于罗马帝国的四个重要的东方城市，即君士坦丁堡、亚历山大、耶路撒冷和安提阿。后来， 俄罗斯正教会也取得了与它们同等的地位。比自主教会低一级的是自治教会，它们由某一自主教会的领袖管辖。东正教共有15个自主教会。