上海中医药博物馆成立于2003年，前身是创建于1938年的中华医学会医史博物，由 上海中医药大学/ 中华医学会 医史博物馆、中药标本陈列馆、校史陈列馆三部分组成，于2004年12月建成开放，建筑面积为6413平方米，陈列展出面积约4000平方米，年开放日超过300天。  

博物馆弘扬中医药和中医药文化，普及中医药科学知识，反映中医药学从形成到繁荣、从继承到创新的轨迹，是博大精深的中医药学和中医药文化的缩影。博物馆是全国、上海市、浦东新区科普教育基地， 上海市 科普旅游示范基地，上海高校民族文化博物馆，浦东新区 爱国主义教育基地，雅致、新颖、大气，向世人展示中医药文化的风采。