清光绪三十三年(1907年),马驹桥地区设马驹桥乡。民国三十七年(1948年)12月,通县解放,属通县第七区。1958年9月,成立马驹桥人民公社。1983年12月,公社改乡。1990年2月,乡改镇。2001年12月,大杜社镇并入。
截至2018年末,马驹桥镇有户籍人口有51576人。
截至2019年10月,马驹桥镇下辖8个社区45个行政村,
镇政府驻马驹桥工业区东路2号。
2011年,马驹桥镇工业总产值达到55.1亿元,比上年增长20.5%。规模以上工业企业101家,职工1.9万人,实现工业增加值9.3亿元,比上年增长17.9%。2011年,马驹桥镇财政总收入14.3亿元,比上年增长31.2%。其中地方财政收入2亿元,比上年增长18.7%。从各主要税种看,完成营业税3.2亿元,增值税4.9亿元,企业所得税3.6亿元,分别比上年增长32.4%、71.4%、50%。