霍华德·休斯医学研究所（英文： The Howard Hughes Medical Institute, HHMI) 是美国一个非营利性医学研究所。由著名飞行员、工程师 霍华德·休斯于1953年成立的。 截至2009年底为止，它是美国规模最大的私人资金资助生物和医学研究的组织之一。