学校前身是1980年成立的金陵职业大学和1958年成立、1984年复建的南京市农业专科学校。2002年6月19日,经教育部批准,两校合并筹建金陵科技学院。2005年3月9日, 金陵科技学院正式成立。
截至2021年5月,学校拥有江宁、幕府、白下三个校区,主校区位于江宁大学城;占地总面积101.64万平方米,校舍总面积65.72万平方米,资产总值28.08亿元,其中教学科研仪器设备值4.95亿元;设有20个二级学院,开设63个本科专业;有在职教职工近1500余人;有全日制在校本科生20000余人,联合培养硕士研究生近100人。