《超级机器人大战W》是B社转战NDS的初作，本作将活用NDS主机的机能，游戏画面通过NDS 的上下两屏幕表示，剧本也剧本分前后两个时间段，这也是本作叫做“W（指Nintendo DS的双液晶画面（Double Screen (Display)）”的原因。游戏中玩家即可以使用触控笔来操作，也可以使用十字键+按键的方式操作，而游戏的系统将基本沿袭《 超级机器人大战J》的系统。