赤眉军，中国古代著名的农民 起义军之一。

赤眉军于 天凤5年（公元18年）在莒（今 山东 莒县）起事，首领为 琅琊人 樊崇，以泰山山区一带为根据地，与政府军对抗。几年之间发展到数万人，其中主要由 农民组成，大多不识字，因此以口头传令为主。组织包括地位最高的三老、其次有从事、卒史等名称，大多延用汉朝乡官的名称。

随著赤眉军的发展，在 地皇3年（22年） 王莽派出其子 王匡、 廉丹率约十万军队进攻赤眉军，惨遭挫败，赤眉军发展到十万人以上，势力扩及 青州、徐州、 兖州、豫州各地。

23年， 更始皇帝 刘玄已即位并攻入长安，赤眉军先是愿意降于更始，但双方随即再度开战，25年赤眉军兵分两路，由 樊崇和 徐宣分别率领，进攻关中，并拥立汉宗室 刘盆子为帝，徐宣任 丞相，樊崇因为识字，任 御史大夫。同时更始军内部产生内争，将领 王匡投奔赤眉军，随即赤眉军攻入长安，杀死刘玄。  

赤眉军入长安时，因常年的战乱已导致当地残破，赤眉军只能四处找寻粮食，随后被 刘秀派将领 冯异击败，遇大雪损失惨重，赤眉军遂决定离开关中，27年在崤底（今河南渑池县礼庄寨）再被冯异打败， 樊崇投降，最后被杀。