苏州海关成立于1991年3月30日，下辖常熟海关、 太仓海关、 昆山海关、 吴江海关，驻吴中办事处，代管海关总署苏州外事培训基地。苏州海关是属于 南京海关管辖的隶属海关，苏州海关的职能是负责除张家港市和 苏州工业园区以外的苏州市海关相关业务的办理。

2017年11月，苏州海关获得 中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。