苏州市档案局（馆）实行局、馆机构合一的管理体制，行使档案行政管理和保管利用两项职能，其中档案馆是“国家一级档案馆”和省级爱国主义教育基地，是苏州市级重要档案的永久性保存基地和利用中心。

苏州市档案馆于1949年筹建，初名苏州市档案资料馆，1959年8月8日正式成立。苏州市档案局于1980年5月建立，1983年3月与原苏州地区档案馆合并，继称苏州市档案局（馆），为市委直属事业单位。现设办公室、监督指导处、法规宣教处、保管利用处、征集编研处、信息技术处、年鉴编辑室、市级机关文档管理处和现行文件查阅中心等9个职能处室，辖位于齐门路166号的正科级建制事业单位——苏州市工商档案管理中心。局馆本级人员编制37名，拥有档案、文史、计算机等多方面人才。

苏州市档案局（馆）于2016年7月迁入市北园路269号的新馆，馆库建筑面积3.3万平方米，专业设施齐全，进一步提升了档案保管和开发条件，继续为各界提供优良、便捷的档案利用服务。新馆毗邻中国四大名园之一的拙政园和贝聿铭先生设计的苏州博物馆，与苏州名人馆、苏州丝绸博物馆等相望。在多地将新馆迁建新城的形势下，苏州市档案馆重回寸土寸金、文化氛围独具的古城区，体现了苏州崇文重史的传统和便民优先的理念。  

2019年1月，根据《苏州市机构改革方案》，苏州市对应中央和省级机构改革，调整优化相应机构和职能。苏州市档案局（馆）行政职能划归市委办公室。