芽孢(endospore)又称 内生孢子，是细菌休眠体。常见的产芽孢细菌主要为 芽孢杆菌属（Bacillus)、 梭状芽孢杆菌属 ( Clostridium) 、芽孢乳酸菌属：(Sporolaetobacilbs)等。产芽孢细菌在营养条件缺乏时，在菌体内形成圆形或椭圆形的芽孢休眠体。芽孢含水量极低，抗逆性强，能经受高温、紫外线，电离辐射以及多种化学物质灭杀等，在灭菌监测中，可利用芽孢的高抗逆性制备 生物指示剂。  

尽管芽孢与孢子的英文名称均为spore，但二者的界限从来就没有混淆过，微生物学界也不曾有过分歧意见。

恶劣环境下，一个细菌产生一个芽孢，条件适宜时重新成为一个细菌，数量没有增加，因此芽孢不是细菌的繁殖体，是休眠体，因此称作“芽胞”更为确切。

《微生物学名词(第2版)(2012)》是 全国科学技术名词审定委员会审定公布的第二版微生物学名词，其中收录“芽孢”为规范词条，又称“芽胞”。