翁启惠1970年毕业于
台湾大学,获得学士学位;1977年获得台湾大学硕士学位;1982年获得
美国麻省理工学院化学博士学位,其后在
美国哈佛大学从事博士后研究;1983年至1989年,历任美国
德克萨斯A&M大学化学系助理教授、副教授及教授;1986年至2006年,担任美国斯克利普斯研究所讲座教授;1991年至1999年,担任日本理化研究所尖端科学醣科技研究所主任;1994年当选中央研究院院士;1996年当选美国艺术与科学院院士;2002年当选美国国家科学院院士;2003年至2006年,担任中央研究院基因体研究中心主任;2006年至2016年,担任中央研究院院长;2014年获得
沃尔夫化学奖。
翁启惠长期致力于
生物有机化学及醣分子科学领域研究,世界上首次成功以酵素技术大量合成复杂多醣物(多醣及醣胜肽)。