结构域（domain）是位于 超二级结构和三级结构间的一个层次。结构域是在蛋白质的三级结构内的独立折叠单元，通常都是几个超二级结构单元的组合。在较大的蛋白质分子中，由于多肽链上相邻的超二级结构紧密联系，进一步折叠形成一个或多个相对独立的致密三维实体，即结构域。结构域与分子整体以共价键相连，一般难以分离，这是它与 蛋白质亚基结构的区别。一般每个结构域由100~200个氨基酸残基组成，各有独特的空间构象，并承担不同的生物学功能。如 免疫球蛋白（IgG）由12个结构域组成，其中两个轻链上各有2个，两个重链上各有4个；补体结合部位与抗原结合部位处于不同的结构域。一般说，较小蛋白质的短肽链如果仅有1个结构域，则此蛋白质的结构域和三级结构即为同一结构层次。较大的蛋白质为多结构域，它们可能是相似的，也可能是完全不同的。

结构域的基本类型有4类：反平行d螺旋结构域（全d结构），平行或混合B折叠结构域（d、p结构）、反平行p折叠结构域（全3结构）和富含金属或二硫键结构域（不规则小蛋白质结构）。