种子岛位于日本 鹿儿岛县南部、大隅半岛以南海面上。十六世纪枪炮最早由该岛传入日本。如今该岛是著名宇宙航天基地。其航天中心隶属于 日本宇宙航空研究开发机构（JAXA），位于鹿儿岛航天中心以南约100公里处，航天中心的总面积约为8.65平方公里。该岛属海洋性 亚热带季风气候，年平均气温19.5℃。

2019年5月15日13时24分，在日本种子岛附近海域（北纬29.60度，东经130.85度）发生5.6级地震，震源深度20千米。