清华大学科学史系成立于2017年5月16日，隶属 清华大学人文学院。首任系主任 吴国盛教授。科学史系在西方科学技术史、 中国科学技术史、 科学技术与社会、科学哲学与技术哲学、科学传播学与科学博物馆学五个方向推进清华科学技术史学科建设，在本科、硕士、博士三个层次培养 科学技术史专业人才。  

科学史系积极参与清华本科 通识教育事业，致力于培养具有跨学科视野和文理综合发展潜力的精英人才。科学史系主持 清华大学科学博物馆的内容建设和日常管理，并且通过科学博物馆这个学术平台，推动清华校内学科交叉与文理融合，面向公众传播科学文化。