2010年12月3日， 壹基金在深圳落地，获 深圳市民政局批准，正式成立深圳壹基金公益基金会。自此，壹基金拥有了独立从事 公募活动的法律资格。 深圳壹基金注册原始基金为5000万元，发起机构为 上海李连杰壹基金公益基金会、 老牛基金会、 腾讯公益慈善基金会、万通公益基金会及 万科公益基金会，每家发起机构出资1000万元。深圳壹基金理事会由十一人组成（ 李连杰、周其仁、王石、柳传志、马蔚华、马云、马化腾、牛根生、冯仑、周惟彦、杨鹏），监事由四人组成（刘东华、宋立新、马宏、张敏）。周其仁担任深圳壹基金理事长和法人代表，王石担任执行理事长，马宏担任监事长，杨鹏担任秘书长。作为壹基金的创始人，李连杰将担任永久理事。深圳壹基金即是独立的法人机构，同时也是“红十字会壹基金计划”及“上海壹基金”的延续与发展，将严格按照国家法律及《章程》进行治理，理事会是决策机构，秘书处是执行机构。深圳壹基金于2011年1月11日召开第一届理事会并正式启动。

2018年9月10日，荣获第十届“ 中华慈善奖”。