球队最早于俄罗斯帝国的彼得堡建立，将圣彼得堡充满政治动荡的历史与
泽尼特的历史紧密相连。2002年，泽尼特成为在俄超联赛亚军，并于2003年荣获俄罗斯联赛杯冠军。2008年5月，在欧洲联盟杯决赛中以2比0力克
格拉斯哥流浪者，夺得该队历史上的第一座欧洲联盟杯。
2008年8月29日，在摩纳哥的路易二世体育场举行的
欧洲超级杯比赛中，泽尼特击败
曼联，成为第一支赢得此荣誉的俄罗斯球队。
泽尼特的主体育场原是彼得罗夫斯基体育场
（Petrovsky Stadium），现主体育场为“
圣彼得堡体育场”（
Stadium St. Petersburg）。
