水韭亚门（Isoephytina）是 蕨类植物门（Pteridophyta）的1个 亚门。 水韭过去作为一个目放在鳞叶门内，和 石松目、 卷柏目并列；近代则为 石松亚门下的一个目。1978年 秦仁昌发表中国蕨类植物系统时成立水韭亚门。