水衡都尉是汉代主掌皇室财政的官吏。

汉武帝元鼎二年 (公元前115年) ，始设置水衡都尉，下属钟官、辨铜、山林、技巧、等官，掌上林苑，兼主税入和皇室财政的收支以及铸钱。与少府性质类同。

武帝元鼎四年，重行整顿币制，下令禁止郡国铸币，废止白金币，责令郡国把以前所铸之钱一律销毁，所得的铜运到京师，由水衡都尉所属钟官、辨铜、技巧三官负责铸造新的五铢钱，通行全国。称三官钱，由于钱质量好，便于流通，使西汉政府的财政情况大为好转。

东汉时裁撤水衡都尉， 其执掌归入少府。关于水利航政的部分，则归都水使者。

三国魏复置，掌水军舟船器械。

晋以后不常置，南朝宋曾置水衡令。

唐曾改都水监为水衡都尉，旋复旧称。

水衡名称的由来，据《汉书·百官公卿表》应劭注：“古山林之官曰衡，掌诸池苑，故称水衡。”