核蛋白（英文：nuclear protein）是指在细胞质内合成， 然后运输到核内起作用的一类蛋白质。如各种组蛋白、DNA合成酶类、RNA转录和加工的酶类、各种起调控作用的蛋白因子等。

核蛋白一般都含有特殊的氨基酸信号序列， 起蛋白质定向、定位作用。