该座书院始建于唐·景福二年（893年）。杨子山原名崎髻山，唐末五代初时期，南安水头人杨肃因治好了皇太后和闽王王后的疾病，唐·昭宗封崎髻山为杨子山，敕南安石井杨子山的杨肃读书处为杨林书院，此为泉州最早的书院。