中国科学院新疆天文台始建于1957年，原名为中国科学院乌鲁木齐人造卫星观测站，1987年更名为 中国科学院乌鲁木齐天文站，2001年4月更名为 中国科学院国家天文台乌鲁木齐天文站，2011年1月更名为中国科学院新疆天文台。

新疆天文台研究领域包括射电天文、光学天文和应用天文，主要从事脉冲星、恒星形成与演化、星系宇宙学、高能天体物理、天体化学演化、粒子天体物理、空间目标与碎片、卫星导航等方面的理论与实测研究，并开展微波接收机、射电望远镜结构与控制、数字信号处理等方面的技术与设备研发。

截至2016年8月，新疆天文台共有在职职工159人；据2016年11月中国科学院新疆天文台官网显示，天文台设有1个一级学科博士、硕士研究生培养点和博士后流动站，在学硕士研究生32名、在学博士生10名；拥有3个重点实验室和中心、3个观测基地、3个研究室。