其前身新疆医学院始建于1954年,1956年建成招生。1998年6月,新疆医学院与新疆中医学院合并成立新疆医科大学
[5]
。2011年11月4日,国家卫生部与新疆自治区签署了共建该校的协议。
截至2021年4月,学校有雪莲山校区、新医路校区、鲤鱼山校区、明园校区、仓房沟校区5个校区。学校下设22个院部,开设26个本科专业,涵盖医学、管理学、理学、文学四个学科门类,形成了以医学类为主,其他学科相辅相成的专业结构与布局。学校现有直属附属医院8所,均为三级甲等医院。学校现有全日制在校生24433人,其中普通本科生14776人,全日制硕士研究生3951人,博士研究生376人,普通专科生4590人,各层次学历教育留学生740人
。