2002年3月，新垦镇并入 万顷沙镇。2005年，经 国务院批准， 广州市设立 南沙区。02年10月，万顷沙镇成建制从 番禺区正式移交给南沙区管辖，万顷沙成为南沙开发区地域最大的一个镇。