新四军军部，是 新四军领导机关的总称。1937年12月25日在湖北 汉口成立，当时只有 中共中央从 延安派来和军长 叶挺邀集的少数工作人员。1938年1月6日移驻江西南昌，开始建立工作部门。

新四军军部，设有参谋处、秘书处、副官处、军需处、军医处、兵站处、军法处、后方留守处和政治部。 皖南事变后，根据中共中央军委1941年1月20日的命令，以华中新四军八路军总指挥部为基础在江苏盐城重建军部，设司令部、政治部、供给部、卫生部、军工部。1943年1月供给部、卫生部合并为供卫部。1944年10月供卫部重新分为供给部、卫生部。1945年10月28日新四军军部北移山东临沂，并从12月3日起兼山东军区领导机关。1947年1月21日根据中共中央军委决定，新四军兼山东军区领导机关与华中军区领导机关合并，成立华东军区领导机关。