心土层指表土层和底土层之间的土层。旱作土的心土层一般保持开垦种植前自然土壤淀积层的形态和性状，耕种引起的变化小。水稻土的心土层，在正常情况下，发育为斑纹层多棱块或棱柱状结构，垂直节理（裂缝），透水性良好，养分供应及时，但当铁质强烈淋失时就形成灰白色的白土层（这种水稻土叫白土、白散泥等）。低湿粘重的水稻土（叫青泥土）的心土层，与上层分界不明显，无结构，似粘糕状，滞水，土性冷凉，苗期养分不足，发棵迟。应开沟排水。