山东省科学院成立于1979年，是 山东省人民政府直属事业单位，山东省综合性自然科学研究机构，前身为始建于1958年的 中国科学院山东分院。经过三十多年的发展，山东省科学院初步建成创新体系完整、特色鲜明、能力较强、发展持续的现代 科研院所，成为全省公共综合科技创新平台，在全省科技创新体系中发挥了重要的支撑和前沿骨干作用，综合实力居于全国地方科研院所前列。  

2017年5月28日，山东省人民政府决定整合 齐鲁工业大学与山东省科学院，组建新的齐鲁工业大学，同时保留山东省科学院牌子。新的齐鲁工业大学（山东省科学院）为省属公益二类 事业单位，由山东省人民政府领导、 山东省教育厅主管。

2019年9月，山东省科学院正式加入 国际科学院协会。