“小三通” 是指台湾当局在两岸未能事先磋商的情况下于2000年12月13日单方面批准的《试办金门马祖与大陆地区通航实施办法》，俗称“小三通” 。

1992年3月，中国福建省提出“两门对开，两马先行”的“小三通”构想。这是由于“两门”（即大陆的 厦门和 台湾的金门）和“两马”（即大陆的福州 马尾港和台湾的马祖）均只是相距 咫尺的地方，在此进行小规模的“ 三通”是可以说是在当时的限制中，带来有利于两岸民间发展的办法。

截止到2015年底，“两马”航线通航15年来，该边检站共验放客运船舶8260航次，两岸旅客66.4万人次。  

援引《关于正确使用涉台宣传用语的意见》：对台湾方面所谓“小三通”一词，我报道中可称“福建沿海与金门、马祖地区直接往来”，不用“小三通”提法。也不用“ 大三通”的提法。