尊经书院成立于同治十三年（1874）。在近代中国大变革的格局下，由川籍 洋务派官僚、当时退居乡里的工部侍郎薛焕等15人倡议，四川总督 吴棠与四川学政 张之洞筹划，在成都南校场石犀寺附近修建了这所新的书院，以“通经学古课蜀士”。薛焕担任了书院第一任山长。

尊经书院是四川近代高等学校的源头之一。书院不志科举，倡导经世致用的思想，教学时放弃传统书院的八股文内容，除了国学，还教授西方科学知识。老师也多为名士，如四川“睁眼看世界第一人”宋育仁、 戊戌变法理论思想“托古改制”的提出者廖平等等。“学生多是已经考取了秀才的人，他们都看到了八股文无用，来书院学习西方科学技术。

光绪二十七年（1902年），四川总督奉旨宣布将 锦江书院、尊经书院与1896年成立的 四川中西学堂合并为 四川通省大学堂，后改称 四川省城高等学堂，即今 四川大学前身。